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中国董事局网与中国数据研究中心共同发布2016中国最具影响力医药企业百强榜，其中国药股份、云南白药及白云山跻身前三甲，另有康美药业、哈药股份、安迪苏、天士力、复星医药、同仁堂及恒瑞医药等知名药企上榜。
本次评选由中国数据研究中心专家领衔的评委会主导完成，评价体系沿袭首届的测评标准，以在沪深主板、中小板、创业板及新三板上市的医药企业为基础，主要从营销管理指标、财务指标、及创新指标进行考核。营销管理指标主要考核企业的品牌知名度、市场号召力、主要产品的市场占有率等。财务指标以企业最新财报数据考核为主，如总资产、营业收入、净利润、营收增长率、利润增长率等。创新指标考核企业在技术产品研发、商业模式创新方面的投入情况及对国家宏观政策引导、产业发展趋势的响应程度。最后经由评委会专家计分加权、汇总得出榜单，并特别邀请了媒体及医药领域专家参与监督，确保评价体系科学理性、评选程序客观公正。
| 序号 | 公司简称 | 公司名称 | 行业 | 城市 |
| 1 | 国药股份 | 国药集团药业股份有限公司 | 医药综合 | 上海市 |
| 2 | 云南白药 | 云南白药集团股份有限公司 | 中药 | 昆明市 |
| 3 | 白云山 | 广州白云山医药集团股份有限公司 | 中药 | 广州市 |
| 4 | 康美药业 | 康美药业股份有限公司 | 中药 | 普宁市 |
| 5 | 哈药股份 | 哈药集团股份有限公司 | 西药 | 哈尔滨市 |
| 6 | 安迪苏 | 蓝星安迪苏股份有限公司 | 西药 | 北京市 |
| 7 | 天士力 | 天士力制药集团股份有限公司 | 中药 | 天津市 |
| 8 | 复星医药 | 上海复星医药(集团)股份有限公司 | 西药 | 上海市 |
| 9 | 同仁堂 | 北京同仁堂股份有限公司 | 中药 | 北京市 |
| 10 | 恒瑞医药 | 江苏恒瑞医药股份有限公司 | 西药 | 连云港市 |
| 11 | 健康元 | 健康元药业集团股份有限公司 | 西药 | 深圳市 |
| 12 | 华润三九 | 华润三九医药股份有限公司 | 西药 | 深圳市 |
| 13 | 丽珠集团 | 丽珠医药集团股份有限公司 | 西药 | 珠海市 |
| 14 | 东阿阿胶 | 东阿阿胶股份有限公司 | 中药 | 聊城市 |
| 15 | 昆药集团 | 昆药集团股份有限公司 | 中药 | 昆明市 |
| 16 | 信立泰 | 深圳信立泰药业股份有限公司 | 西药 | 深圳市 |
| 17 | 必康股份 | 江苏必康制药股份有限公司 | 西药 | 南通市 |
| 18 | 上海莱士 | 上海莱士血液制品股份有限公司 | 生物科技 | 上海市 |
| 19 | 太龙药业 | 河南太龙药业股份有限公司 | 西药 | 郑州市 |
| 20 | 誉衡药业 | 哈尔滨誉衡药业股份有限公司 | 西药 | 哈尔滨市 |
| 21 | 乐普医疗 | 乐普(北京)医疗器械股份有限公司 | 医疗保健设备 | 北京市 |
| 22 | 国际医学 | 西安国际医学投资股份有限公司 | 医疗保健技术 | 西安市 |
| 23 | 中牧股份 | 中牧实业股份有限公司 | 生物科技 | 北京市 |
| 24 | 珍宝岛 | 黑龙江珍宝岛药业股份有限公司 | 中药 | 虎林市 |
| 25 | 新华制药 | 山东新华制药股份有限公司 | 西药 | 淄博市 |
| 26 | 康缘药业 | 江苏康缘药业股份有限公司 | 中药 | 连云港市 |
| 27 | 亿帆鑫富 | 亿帆鑫富药业股份有限公司 | 西药 | 临安市 |
| 28 | 金陵药业 | 金陵药业股份有限公司 | 中药 | 南京市 |
| 29 | 海欣股份 | 上海海欣集团股份有限公司 | 西药 | 上海市 |
| 30 | 葵花药业 | 葵花药业集团股份有限公司 | 中药 | 哈尔滨市 |
| 31 | 爱康德诺 | 深圳市爱康德诺生物医药科技有限公司 | 生物科技 | 深圳市 |
| 32 | 蒙发利 | 厦门蒙发利科技(集团)股份有限公司 | 医疗保健设备 | 厦门市 |
| 33 | 美年健康 | 美年大健康产业控股股份有限公司 | 保健护理服务 | 南通市 |
| 34 | 亚宝药业 | 亚宝药业集团股份有限公司 | 中药 | 运城市 |
| 35 | 香雪制药 | 广州市香雪制药股份有限公司 | 中药 | 广州市 |
| 36 | 恒康医疗 | 恒康医疗集团股份有限公司 | 中药 | 陇南市 |
| 37 | 景峰医药 | 湖南景峰医药股份有限公司 | 西药 | 岳阳市 |
| 38 | 仁和药业 | 仁和药业股份有限公司 | 中药 | 南昌市 |
| 39 | 江中药业 | 江中药业股份有限公司 | 中药 | 南昌市 |
| 40 | 恩华药业 | 江苏恩华药业股份有限公司 | 西药 | 徐州市 |
| 41 | 鱼跃医疗 | 江苏鱼跃医疗设备股份有限公司 | 医疗保健设备 | 丹阳市 |
| 42 | 康弘药业 | 成都康弘药业集团股份有限公司 | 中药 | 成都市 |
| 43 | 千金药业 | 株洲千金药业股份有限公司 | 中药 | 株洲市 |
| 44 | 九洲药业 | 浙江九洲药业股份有限公司 | 西药 | 台州市 |
| 45 | 尚荣医疗 | 深圳市尚荣医疗股份有限公司 | 医疗保健设备 | 深圳市 |
| 46 | 达安基因 | 中山大学达安基因股份有限公司 | 生物科技 | 广州市 |
| 47 | 桂林三金 | 桂林三金药业股份有限公司 | 中药 | 桂林市 |
| 48 | 神奇制药 | 上海神奇制药投资管理股份有限公司 | 中药 | 上海市 |
| 49 | 马应龙 | 马应龙药业集团股份有限公司 | 中药 | 武汉市 |
| 50 | 迪安诊断 | 浙江迪安诊断技术股份有限公司 | 保健护理服务 | 杭州市 |
| 51 | 万孚生物 | 广州万孚生物技术股份有限公司 | 医疗保健设备 | 广州市 |
| 52 | 生物股份 | 金宇生物技术股份有限公司 | 生物科技 | 呼和浩特市 |
| 53 | 合全药业 | 上海合全药业股份有限公司 | 西药 | 上海市 |
| 54 | 中源协和 | 中源协和细胞基因工程股份有限公司 | 生物科技 | 天津市 |
| 55 | 智飞生物 | 重庆智飞生物制品股份有限公司 | 生物科技 | 重庆市 |
| 56 | 金城医药 | 山东金城医药股份有限公司 | 西药 | 淄博市 |
| 57 | 奇正藏药 | 西藏奇正藏药股份有限公司 | 中药 | 林芝地区 |
| 58 | 福安药业 | 福安药业(集团)股份有限公司 | 西药 | 重庆市 |
| 59 | 蓝帆医疗 | 蓝帆医疗股份有限公司 | 医疗保健用品 | 淄博市 |
| 60 | 宏源药业 | 湖北省宏源药业科技股份有限公司 | 制药、生物科技 | 黄冈市 |
| 61 | 普莱柯 | 普莱柯生物工程股份有限公司 | 西药 | 洛阳市 |
| 62 | 三诺生物 | 三诺生物传感股份有限公司 | 医疗保健设备 | 长沙市 |
| 63 | 源和药业 | 安徽源和堂药业股份有限公司 | 制药、生物科技 | 亳州市 |
| 64 | 安图生物 | 郑州安图生物工程股份有限公司 | 生物科技 | 郑州市 |
| 65 | 康泽药业 | 康泽药业股份有限公司 | 医疗保健设备与服务 | 广州市 |
| 66 | 车头制药 | 浙江车头制药股份有限公司 | 制药、生物科技 | 台州市 |
| 67 | 盛实百草 | 天津盛实百草中药科技股份有限公司 | 制药、生物科技 | 天津市 |
| 68 | 生物谷 | 云南生物谷药业股份有限公司 | 制药、生物科技 | 昆明市 |
| 69 | 津同仁堂 | 天津同仁堂集团股份有限公司 | 制药、生物科技 | 天津市 |
| 70 | 维和药业 | 云南维和药业股份有限公司 | 制药、生物科技 | 玉溪市 |
| 71 | 长江医药 | 湖北长江星医药股份有限公司 | 西药 | 荆州市 |
| 72 | 贝斯达 | 深圳市贝斯达医疗股份有限公司 | 医疗保健设备与服务 | 深圳市 |
| 73 | 蓝海之略 | 珠海市蓝海之略医疗股份有限公司 | 医疗用品及器材零售 | 珠海市 |
| 74 | 兰卫检验 | 上海兰卫医学检验所股份有限公司 | 制药、生物科技 | 上海市 |
| 75 | 亿邦制药 | 珠海亿邦制药股份有限公司 | 西药 | 珠海市 |
| 76 | 翔宇药业 | 翔宇药业股份有限公司 | 制药、生物科技 | 临沂市 |
| 77 | 威门药业 | 贵州威门药业股份有限公司 | 制药、生物科技 | 贵阳市 |
| 78 | 泰恩康 | 广东泰恩康医药股份有限公司 | 医疗保健设备与服务 | 汕头市 |
| 79 | 多普泰 | 重庆多普泰制药股份有限公司 | 制药、生物科技 | 重庆市 |
| 80 | 康泰医学 | 康泰医学系统(秦皇岛)股份有限公司 | 医疗保健设备 | 秦皇岛市 |
| 81 | 芍花堂 | 芍花堂国药股份有限公司 | 制药、生物科技 | 亳州市 |
| 82 | 达瑞生物 | 广州市达瑞生物技术股份有限公司 | 制药、生物科技 | 广州市 |
| 83 | 三力制药 | 贵州三力制药股份有限公司 | 制药、生物科技 | 贵阳市 |
| 84 | 臣功制药 | 南京臣功制药股份有限公司 | 制药、生物科技 | 南京市 |
| 85 | 九典制药 | 湖南九典制药股份有限公司 | 制药、生物科技 | 长沙市 |
| 86 | 仁会生物 | 上海仁会生物制药股份有限公司 | 制药、生物科技 | 上海市 |
| 87 | 精晶药业 | 精晶药业股份有限公司 | 制药、生物科技 | 邢台市 |
| 88 | 之江生物 | 上海之江生物科技股份有限公司 | 生物药品制造 | 上海市 |
| 89 | 宝藤生物 | 上海宝藤生物医药科技股份有限公司 | 制药、生物科技 | 上海市 |
| 90 | 汉氏联合 | 北京汉氏联合生物技术股份有限公司 | 制药、生物科技 | 北京市 |
| 91 | 大承医疗 | 大承医疗投资股份有限公司 | 医疗保健设备与服务 | 杭州市 |
| 92 | 垠艺生物 | 辽宁垠艺生物科技股份有限公司 | 生物科技 | 大连市 |
| 93 | 新眼光 | 上海新眼光医疗器械股份有限公司 | 医疗保健设备与服务 | 上海市 |
| 94 | 迈得医疗 | 迈得医疗工业设备股份有限公司 | 医疗设备 | 台州市 |
| 95 | 力思特 | 成都力思特制药股份有限公司 | 制药、生物科技 | 成都市 |
| 96 | 赛莱拉 | 广州赛莱拉干细胞科技股份有限公司 | 生物科技 | 广州市 |
| 97 | 赛伦生物 | 上海赛伦生物技术股份有限公司 | 生物科技 | 上海市 |
| 98 | 泰宝医疗 | 广东泰宝医疗科技股份有限公司 | 医疗保健设备与服务 | 揭阳市 |
| 99 | 锦波生物 | 山西锦波生物医药股份有限公司 | 制药、生物科技 | 太原市 |
| 100 | 奥默医药 | 杭州奥默医药股份有限公司 | 制药、生物科技 | 杭州市 |
